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Na maioria dos casos o erro 500 Internal Server Error é ocasionado quando se tem arquivos/diretórios com permissões inválidas, mas tambám pode ser pelo uso de variáveis como php_flag e php_value no .htaccess. Para corrigir rapidamente a permissão de todos os arquivos e pastas. Quanto a outra forma que seria quando há as variáveis no .htaccess, este é personalizado e cada caso deve ser verificado então não vou citar, mas seria basicamente remover e setar no proprio php.ini dentro da pasta do sistema desejado.

Vamos la no SSH digite o comando abaixo:
find /home/*/public_html -type d -exec chmod 755 {} \;
find /home/*/public_html -type f -exec chmod 644 {} \;

Ele irá buscar todos os arquivos e pastas da home dos dominios e ira setar a permissão correta que é 755 para pastas e 644 para arquivos.

fonte: http://www.forumcpanel.com.br/index.php?showtopic=5732